乡村征地补偿款纠纷案件当以土地承包经营权纠纷案件或者土地承包合同纠纷案为案由立案侦查。
土地承包经营权纠纷案件，则在项下又分土地承包经营权确定纠纷案件和承包土地征收补偿花费分派纠纷案件四级案由，上述情况８种类型的矛盾纠纷前７种即确定为该类案由。
村土地资源承包合同纠纷，则在项下又分土地承包经营权转包合同纠纷案件、土地承包经营权出让合同纠纷案、土地承包经营权交换合同纠纷案等５种四级案由。
农村征地补偿纠纷案件假如是归属于对征缴、征用土地确定以及赔偿确定不服的法院会审理。依据法律要求，法院审理中国公民、法人或者其他机构提起的以下起诉：对政府部门做出的关于确定土地资源、矿产地、流水、山林、山头、大草原、荒山、滩涂地、水域等生态资源的使用权或是使用权的确定不服的；对征缴、征用土地确定以及赔偿确定不服气这些。
农村征地纠纷案件关键是因为针对补偿的经济赔偿种类我国要求并不具体，加上在我国对其赔偿的经济补偿标准及其程序流程还不完善，因而当发生此纠纷案件时，最先当然是由彼此协商的形式进行，或者向有关部门要求协商，倘若上升到了诉讼环节则被告方应当向有关诉讼行政机关或者法院提到仲裁和诉讼。
《中华人民共和国土地管理法》第四十七条，征用土地农用地的赔偿费包含土地征用补偿、安置补助费用及其地上附着物和青苗费的赔偿费；征用土地城市郊区的菜园，土地企业理应按照国家有关规定交纳新菜园开发设计建设基金。
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